La iglesia es el lugar donde se celebra la Liturgia y donde se reúnen los fieles. Debajo del altar mayor, se encuentra la urna que contiene las reliquias del niño mártir san Pelayo.
Está abierta todos los días del año para la oración de la mañana y de la tarde.
El actual templo se levantó en la última década del siglo XVI sobre otro medieval de menores dimensiones.
Es una iglesia de una sola nave sin transepto, de estilo clasicista, articulada con arcos de medio punto y bóveda de medio cañón con lunetos. El autor de la traza fue Leonardo de la Cajiga, arquitecto trasmerano.
La restauración del siglo XX fue llevada a cabo por el arquitecto Juan Vallaure.