Es el corazón del monasterio, en torno a él se distribuye la casa de la Comunidad. Es también el lugar de las procesiones, del Domingo de Ramos y de la Fiesta de la Presentación del Señor o Candelaria, el 2 de febrero.
El claustro Se construye en torno a un pozo, que recoge el agua de un manantial, y está abierto a la luz del día.
Había, en este mismo lugar, un claustro medieval, ahora desaparecido. El claustro actual es diseño de Melchor de Velasco en 1657, y fue levantado por Ignacio del Cajigal entre 1664 y 1666 con alguna alteración respecto al proyecto original. Ambos eran arquitectos trasmeranos de renombre. El estilo es austero y clasicista dentro del barroco.
En el centro se sitúa el pozo de la comunidad con un templete clasicista.
